En los años cincuenta, Marbella era todavía una pequeña ciudad, funcionaba con las características propias de un pueblo, que fundamentalmente vivía de la pesca y de la agricultura, aunque ya comenzaba una rudimentaria actividad turística. Los centros escolares eran muy escasos y la población infantil que no estaba escolarizada, muy elevada. En esta situación se ponen en marcha, una serie de iniciativas, que parten desde el Obispado de Málaga. Por una parte, la creación de dos escuelas rurales dentro del plan impulsado por el Cardenal Don Ángel Herrera Oria y por otra la puesta en marcha de unas escuelas parroquiales, a instancia de Don Rodrigo Bocanegra Pérez, que era el párroco de la Iglesia de Nuestra Señora de la Encarnación, parroquia a la que pertenece el Colegio. Estas escuelas contaban con tres aulas para niños y dos para niñas y respondían a la denominación “Agrupación Mixta Parroquial”. Atendía fundamentalmente a una población desfavorecida del casco antiguo de Marbella. Es el origen del actual Colegio Monseñor Rodrigo Bocanegra que se construyo en 1971 siendo director D. José Alcalá. Desde el año 1984 al 1991 tomó el relevo como director D. José Manuel Vallés, el cual trabajó para que el colegio fuese adquiriendo el prestigio de colegio católico que hoy sigue teniendo, realizando actividades culturales muy importantes tanto para el centro educativo como para la vida cultural de la ciudad. Posteriormente el colegio tuvo una ampliación en 1998 para adaptarse a la LOGSE y poner en funcionamiento la Educación Secundaria Obligatoria siendo entonces director D. Francisco Moyano. El Colegio se encuentra situado en pleno Centro histórico de la ciudad, al pie de las murallas del sur de la vieja alcazaba árabe, uno de los puntos de referencia del patrimonio histórico de Marbella. El Centro se encuentra totalmente integrado con el entorno ubicándose junto a la iglesia de Nuestra Señora de la Encarnación, el Ayuntamiento, el Museo de Grabado Español Contemporáneo, la Delegación municipal de Cultura y Enseñanza, la Delegación del Centro Histórico así como la Casa Hermandad y Capilla de la Cofradía de Nuestro Padre Jesús Nazareno y Santo Sepulcro. Con todas estas instituciones, el colegio colabora habitualmente.